Mất trộm cổ vật

Chùa Bối Khê với số lượng đồ thờ tự lớn và có giá trị nên đã nhiều lần bị mất cắp cổ vật. Năm cây đèn gốm thời Mạc có minh văn và nhiều tượng đã mất từ lâu.[13] Ngày 13 tháng 3 năm 2020, chùa bị kẻ gian phá cửa lấy mất một pho tượng Thích Ca đản sinh bằng đồng màu đen, chiều cao khoảng 70–80 cm, vốn đặt tại gian Tam Bảo. Đây là lần thứ 3 pho tượng này bị lấy cắp. Hai lần mất trước đều được tìm thấy nguyên trạng và trả lại cho chùa.[34][35]

Xâm hại di tích

Chùa Bối Khê liên tiếp xảy ra tình trạng xây dựng mà không được phép của cơ quan có thẩm quyền, chưa được thẩm định theo quy định về di sản văn hóa, dẫn đến việc phá hỏng các di tích kiến trúc cổ. Đầu năm 2019, trụ trì chùa Bối Khê (sư cô Thích Đàm Phượng) cho đập hai cổng ngách hai bên gác chuông của chùa để xây dựng mới hai cổng có kích thước lớn, "uy hiếp" cả công trình chính là gác chuông cổ. Điều đáng nói là trụ sở Ủy ban nhân dân xã Tam Hưng nằm đối diện với chùa, nhưng không xử lý theo đúng chức trách.[36][37]

Tháng 4 năm 2019, Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch đã lần đầu tiên lập biên bản xử phạt hành chính một nhà sư (Thích Đàm Phượng) 20 triệu đồng về hành vi xây dựng trái phép, xâm phạm một di tích quốc gia.[1] Tuy nhiên hai cổng ngách của chùa bị phá đi để xây mới là hai cổng được xây từ năm 2004, trên nền ruộng, móng rất yếu, qua 15 năm đã xuống cấp nhiều và có thể "sắp đổ đến nơi". Chính vì thế, cuối năm 2018, chuẩn bị cho mùa lễ hội sắp đến và mùa mưa bão sắp về, nhà sư Thích Đàm Phượng sẵn có tiền quyên góp từ dân nên quyết định phá đi xây lại theo nguyện vọng của chính người dân. Thanh tra Bộ đã kết luận: "Cái sai của họ là xây dựng mà không xin phép chứ đó là việc phải làm, không làm là hỏng, ảnh hưởng tới tính mạng người dân, không đảm bảo an toàn trong những ngày lễ hội đông người".[1][38]

Bên cạnh đó, không chỉ nhà chùa mà chính Ban Quản lý đầu tư xây dựng huyện Thanh Oai cũng cho xây dựng những hạng mục trái phép như: sân đá trước ngũ môn được lát mới, lát nền đá sân chùa, xây bê-tông ở gốc cây cổ thụ, dựng đèn điện chùm. Sân mới nhiều chỗ dở dang, nhếch nhác, không hoàn thiện. Hệ thống đèn chiếu sáng trong sân như ở công viên, không phù hợp cảnh quan di tích, làm hỏng cảnh quan di tích. Chính quyền xã Tam Hưng và huyện Thanh Oai đều đã nhận trách nhiệm vì để xảy ra sai phạm.[1][37][37][39]